La laguna è protetta dal mare aperto dalla più grande delle isole che formano il piccolo arcipelago, isola Grande, detta anche isola Lunga per la sua forma allungata, ricca di vegetazione e di saline. A questa si aggiungono l'isola Schola, la più piccola, poco più di uno scoglio, spoglia e animata solo dai resti di alcuni casolari, l'isola di Santa Maria, ricoperta da una folta vegetazione, e la più famosa, l'isola di San Pantaleo, meglio nota come Mozia, sede dell'antica città fondata dai Fenici e distrutta da Dionisio di Siracusa nel 397 a.C., per questo ricca di interessanti resti archeologici e di un ricco museo dove viene custodita, tra l'altro, la bella statua marmorea del V secolo a.C. nota come il Giovane di Mozia.
La laguna si trova lungo una delle principali via migratorie del bacino del Mediterraneo e per questo importante area di sosta di garzette, mignattai, aironi, fenicotteri rosa, specie che fanno bella compagnia ai numerosi uccelli stanziali.
Non meno importante la vegetazione. Alle specie a maggiore diffusione, come pini d'aleppi, palme nane, agavi, giunghi, salicornie, bisogna aggiungere quelle rare, come il gladiolo comune o bizantino e la calendula marittima. Ricchi anche i bassi fondali dove tra vaste formazioni di posidonia oceanica trovano l'habitat ideale numerose specie di pesci tra cui la spigola, l'orata, il sarago e la sogliola.
A rendere ancora più interessante la laguna ha contribuito, fatto più unico che raro, l'opera dell'uomo che da più millenni, per trarre dal mare un alimento indispensabile all'umanità, ha creato una serie di opere che ben si inseriscono nel contesto ambientale. Basti pensare alle numerose vasche che creano interessanti giochi di luce e di colore a seconda delle ore del giorno e delle stagioni, ai mucchi di sale e alle pale dei mulini a vento.