I laghetti, tra grandi e piccoli, sono sette e creati da sottile lingue di sabbia bianca continuamente modellate dalle mareggiate. Ognuno è isolato dall'altro ed ha acqua più o meno salata secondo la distanza dal mare. Questo fattore condiziona notevolmente la presenza di flora e fauna e fa sì che in uno spazio relativamente piccolo si trovano specie tipiche di ambienti totalmente diversi.
I laghetti più grandi, e di più antica formazione, sono il Marinello, il Mergolo e il Verde, e si trovano a ridosso della parete rocciosa.
Secondo la leggenda i laghetti si sono formati a seguito di un evento miracoloso della Madonna Nera che si venera nel santuario.
Nella realtà la formazione è naturale e, tutto sommato, relativamente recente. Le prime notizie delle lingue di sabbia risalgono all'inizio dell'Ottocento, mentre la formazione della zona lagunare risale agli anni '30 del secolo scorso quando, a seguito del disboscamento e delle trasformazioni agrarie apportate lungo il bacino del fiume Timeto, si riversò in mare una grande quantità di materiale solido. Negli ultimi anni, invece, a causa del mancato riversamento in mare di nuovo materiale solido, le lingue di sabbie tendono ad assottigliarsi
Tutta l'area riveste notevole importanza naturalistica e rientra all'interno dei confini di una riserva naturale gestita dalla Provincia Regionale di Messina.